Село Ильинское на реке Москве ещё в XVI — начале XVII века являлось центром дворцовой вотчины Лужские земли (первое упоминание под названием Ильинское, связываемом с выстроенной здесь деревянной церковью во имя Ильи Пророка, относится к 1618 году). В Смутное время село было разорено, церковь Илии Пророка сожжена и восстановлена только после 1620 года. На протяжении истории усадьбой владели многие известные русские фамилии: Стрешневы, Остерман-Толстые, Голицыны и, наконец, Романовы.
С 1634 до 1783 года село Ильинское находилось во владении рода Стрешневых. Это семейство было близко к царскому двору, служило Романовым от Михаила Федоровича до Петра I и при дворе, и на дипломатическом поприще, и на поле брани. Из отказной книги за 1666 год известно, что в то время в Ильинском было две церкви: «…в селе церковь во имя Василия Кесарийского, деревянная, верх шатровый… Да другая церковь, Святого Пророка Ильи, тоже деревянная, 6 местных икон, писанных на золоте и прозелени… На колокольне 6 колоколов больших, средних и меньших». Церковь Василия Кесарийского, построенная в 1640-х годах, обветшала и после 1687 года не упоминается.
Последним из Стрешневых владел Ильинским тайный советник, камергер, кавалер ордена Александра Невского Василий Иванович Стрешнев (1707-1782). Он уделял большое внимание благоустройству села. В 1732 году был построен ныне существующий храм Илии Пророка, сооружённый на месте деревянной обветшавшей церкви. История сохранила имя архитектора, строившего храм. Им был Алексей Петрович Евлашев (1706-1760) — один из самых талантливых русских зодчих первой половины XVIII века. Храм был построен в стиле барокко и имел богатое внутреннее убранство с деревянным четырехъярусным иконостасом, выкрашенным голубой краской и позолоченным.
После смерти В.И. Стрешнева в 1783 году Ильинское перешло к его племяннику, графу Ивану Андреевичу Остерману (1725-1811), а от него в 1811 году к его внучатому племяннику Александру Ивановичу Толстому (1770-1857), которому Екатерина II разрешила принять титул, фамилию и герб Остерманов. Герой войны 1812 года, блестящий русский военачальник, он после войны поселился в Москве и занялся благоустройством Ильинского. Граф перестроил деревянный усадебный дом с висячими садами на каменных аркадах, соорудил теплицы, оранжереи, летний театр, возвёл на территории парка, разбитого в английском стиле, павильоны с поэтическими названиями «Приют приятелей», «Не чуй горя», «Миловид и «Обсерваторию» — здание в псевдоготическом стиле, в котором помещалась библиотека. Здесь были собраны книги, напечатанные в лучших типографиях России и европейских стран. В отдалённой западной части парка были построены беседки. В память о боевых товарищах и простых солдатах, павших в Бородинском сражении, граф Остерман-Толстой распорядился высадить вдоль старого тракта, ведущего от усадьбы через Глухово и Архангельское на Павшино и Спас-Тушино, липовую аллею в два ряда с каждой стороны дороги. Всего должно было быть высажено более 45 тыс. деревьев (в столь благом начинании графу помог сосед, владелец усадьбы Архангельское князь Н. Б. Юсупов, высаживавший деревья «навстречу»). Вековые липы вдоль Ильинского шоссе в ряде мест сохранились и в начале XXI века.
В 1818 году были пристроены два придела к церкви Илии Пророка: южный во имя святого Феодора иже в Пергии и северный во имя Иоанна Богослова. Надписи на них одинаковы: «Сей придел сооружен иждивением в память графа Федора и Ивана Андреевича Остермановых, кои погребены в селе Красном Сапожковского уезда Рязанской губернии, возле матери их графини Марьи Ивановны, урожденной Стрешневой». В 1828 году над притвором была построена колокольня.
Граф принадлежал к числу образованнейших людей своего времени, прекрасно разбирался в музыке, в русской и зарубежной поэзии, знал несколько языков. При нем Ильинское превратилось в один из крупнейших очагов отечественной культуры. В имении бывали друзья графа — известный поэт и критик П.А. Вяземский, поэт Ф.И. Тютчев и др. Управляющим в имении служил бывший адъютант графа писатель И.И. Лажечников. После кончины императора Александра I в 1828 году граф Остерман-Толстой навсегда оставил Россию. Умер и похоронен он в Женеве.
У графа А.И. Остермана-Толстого детей не было, и ещё в 1845 году он передал наследственные права на владение Ильинским одному из своих племянников — князю Л.М.Голицыну (1806-1860). А в 1864 году имение было куплено у Голицыных для императрицы Марии Александровны (1824-1880), супруги Александра II и оставалось во владении императорской семьи до 1917 года.
По распоряжению Александра II была проведена перестройка дворца, перепланировка и благоустройство парка, были отремонтированы многие домики-павильоны для размещения свиты. Работы выполнялись по проекту архитекторов Ф.Ф. Рихтера и А.И. Резанова. В 1908 году дворец выглядел так: «На всем протяжении окон главных фасадов дворца устроены длинные и широкие балконы, крыша которых поддерживается изящными колоннами… Стены приемной комнаты обиты дорогими, мягких тонов обоями, изящная, орехового дерева мебель, картины и портреты… составляют изысканное убранство этого покоя…» По инициативе императрицы Марии Александровны с 1865 по 1869 год были построены больница и школа для крестьянских детей, создано образцовое фермерское хозяйство. Были открыты почта и телеграф; в 1867 году проведена новая дорога от Ильинского до села Павшино.
После смерти Марии Александровны в 1880 году, согласно завещанию, Ильинское унаследовал ее сын великий князь Сергей Александрович (1857-1905), дядя Николая II, генерал от инфантерии, член Государственного Совета, основатель Императорского Православного Палестинского общества, московский губернатор. В 1884 году он привёз в Ильинское свою молодую жену, великую княгиню Елизавету Фёдоровну (1864-1918, урождённую принцессу Гессенскую), сестру императрицы Александры Фёдоровны.
В Ильинском они вели простую сельскую жизнь, катались на лодке, гуляли по лесу, собирали цветы и ягоды, стараясь свести до минимума строгие правила двора. Великая княгиня старательно занималась русским языком, желая стать ближе к народу своей новой родины, которую уже успела полюбить. Сергей Александрович был глубоко религиозным человеком, жил по уставам Святой Церкви, строго соблюдал посты, часто посещал богослужения, ездил в монастыри. Великая княгиня везде следовала за своим мужем и полностью выстаивала долгие церковные службы. По ее словам, в православных храмах она испытывала удивительное чувство, таинственное и благодатное, непохожее на то, что чувствовала в протестантской кирхе. Она видела радостное состояние Сергея Александровича после принятия им Святых Тайн Христовых, и ей самой захотелось подойти к Святой Чаше, чтобы разделить эту радость. В 1888 году Император Александр III поручил Сергею Александровичу быть его представителем на освящении храма святой Марии Магдалины в Гефсимании, построенного на Святой Земле в память их матери, Императрицы Марии Александровны. Великий князь с супругой прибыл в Палестину в октябре 1888 года. Храм святой Марии Магдалины был построен в Гефсиманском саду у подножия Елеонской горы. Этот пятиглавый храм с золотыми куполами — и до сего дня один из красивейших храмов Иерусалима. Увидев эту красоту и почувствовав присутствие на этом месте благодати Божией, Великая княгиня сказала: «Как я хотела бы быть похороненной здесь». Тогда она не знала, что произнесла пророчество, которому суждено было исполниться. В дар храму святой Марии Магдалины Елизавета Фёдоровна привезла драгоценные сосуды, Евангелие и воздухи. После посещения Святой Земли Великая княгиня твердо решила перейти в православие. 12 апреля 1891 года в Лазареву субботу было совершено Таинство Миропомазания Великой Княгини Елизаветы Феодоровны с оставлением ей прежнего имени, но уже в честь святой праведной Елизаветы — матери святого Иоанна Предтечи, память которой Православная церковь совершает 5 (18) сентября.
В Ильинском торжественно отмечался день ангела Елизаветы Фёдоровны. Много гостей приглашалось и на празднование преподобному Сергию. Они приезжали с вечера, стояли всенощную в храме, утром Божественную литургию и молебен. Потом был праздничный завтрак, и все шли в поле. Военный оркестр играл вальсы и польки. На поле собирались все окрестные жители. 20 июля в Ильин день устраивалась ярмарка, продолжавшаяся три дня. После церковной службы великий князь Сергей Александрович торжественно открывал ярмарку, затем с супругой и домашними обходил продавцов, при этом считал своим долгом со всеми поговорить и что-нибудь купить. За ним несли корзины, которые быстро наполнялись подарками для домочадцев и служащих. Вечером при свете плошек начиналось народное гуляние, представления, катание на карусели и качелях.
Великий князь владел Ильинским до своей смерти (в феврале 1905 года он был разорван на куски бомбой, брошенной террористом И. Каляевым). Его вдова, великая княгиня Елизавета Фёдоровна полностью посвятила себя благотворительной деятельности, основав в Москве на Ордынке Марфо-Мариинскую обитель, где находили приют больные, сироты и престарелые. В день посвящения в звание крестовых сестер любви и милосердия в апреле 1910 года великая княгиня сказала: »Я оставляю блестящий мир, где я занимала блестящее положение, но вместе с вами я восхожу в более великий мир — в мир бедных и страдающих».
В апреле 1918 года Елизавету Фёдоровну арестовали и немедленно вывезли из Москвы. Последние месяцы своей жизни Великая княгиня провела в заключении в школе на окраине города Алапаевска. Глубокой ночью 5(18) июля Великую Княгиню Елизавету Фёдоровну и ее верную келейницу Варвару вместе с другими членами Императорского Дома бросили в шахту старого рудника. Останки настоятельницы Марфо-Мариинской обители и монахини Варвары в 1921 году были перевезены в Иерусалим и положены в усыпальнице храма святой равноапостольной Марии Магдалины в Гефсимании. В 1992 году Архиерейский Собор Русской Православной Церкви причислил к лику святых новомучеников России преподобномучениц Великую Княгиню Елисавету и инокиню Варвару, установив празднование им в день их кончины 5 (18) июля.
Последними владельцами Ильинского перед революцией были племянники Сергея Александровича — великий князь Дмитрий Павлович (1891-1942) и великая княжна Мария Павловна (1890-1958).
Вскоре после Октябрьской революции усадьба Ильинское была национализирована. 6 мая 1918 года сюда приезжал В.И. Ленин и предложил устроить в бывшем дворце Романовых дом отдыха для рабочих. Такой дом был создан и получил название Ильичёво. Поначалу в нём действительно отдыхали рабочие Трехгорной мануфактуры, затем в усадьбе обосновался дом отдыха МК партии… Осенью 1918 года в имении создано «Ильинское советское коммунистическое земледельческое хозяйство», позже преобразованное в совхоз «Ильинское-Усово». В 1929 году усадебный дом сгорел. Со временем было уничтожено большинство построек усадьбы, но храм Илии Пророка уцелел. В 1937 году он был закрыт и использовался как склад.
И только в 1991 году храм удалось вернуть верующим, но, к сожалению, в сильно разрушенном состоянии и с полностью уничтоженным интерьером. Снаружи здание выглядело более или менее благопристойно, так как считалось памятником архитектуры, но внутри все было изуродовано.
Кирпичный, оштукатуренный храм с резным декором из белого камня — ранний предшественник произведений развитого русского барокко. По архитектурному образу, изысканному убранству и новизне западно-европейских декоративных мотивов памятник не имеет аналогий в московском зодчестве первой трети XVIII в.
К 1999 году в храме стараниями настоятеля отца Александра и прихожан был произведён ремонт. Были сделаны полы, освещение, отопление, подведена горячая и холодная вода. Храм был оштукатурен и покрашен. Храм увенчала новая добротная крыша с позолоченным крестом. Даже окна были поставлены не обычные, а цветные витражи. Но алтарь был только временный.
По инициативе отца Александра начались работы по строительству иконостаса аналогичного фаянсовому, который батюшка видел в Тверской области. Изготовленные из этого керамического материала православные иконостасы создавались в России в начале XX века Товариществом фарфорово-фаянсовых заводов Матвея Кузнецова. Выглядят они очень ярко и изящно.
За эту многотрудную работу взялся художник из Гжели Валентин Розанов, но он решил делать не фаянсовый, а впервые фарфоровый иконостас, чуть более строгий. Работы по проектированию, изготовлению в материале и монтажу заняли 5 лет. Впервые за всю историю возведения иконостасов был изготовлен иконостас из фарфора, да еще такого большого размера — 7х10 метров. Выполняли проект мастера Производственного объединения «Гжель». Подключили к этой работе и фарфористов из Дулёво, так как иконостас задумывался цветным и расписывался надглазурными красками. Все 500 фрагментов (ажурных витых колонок, пышно декорированных царских врат, фриза и полукруглых главок, заканчивающихся крестами) были смонтированы как гигантский пазл на специально разработанном инженером-конструктором металлическом каркасе и установлены в нашей церкви. Позже в фарфоровое тело иконостаса были вставлены иконы, написанные потомственными иконописцами из села Палех Юрием Щаницыным и Владимиром Бровкиным. И к 2005 году работы по монтажу иконостаса были закончены. В 2008 году была осуществлена роспись стен храма.
Сейчас старинный Ильинский храм поражает своими размерами, великолепием и ухоженностью. В храме установлены величественные паникадила и большие подсвечники, радуют душу иконы Спасителя, Богоматери, многих святых. В 2009 году Священноначалие высоко оценило труды настоятеля Ильинской церкви протоиерея Александра Попова — по представлению митрополита Ювеналия Святейший Патриарх Кирилл наградил его орденом прп. Сергия Радонежского III степени. Орденом был также награждён Дмитрий Викторович Матвеев, индивидуальный предприниматель, внесший исключительно большой вклад в дело восстановления храма. В 2010 году благотворителями были подарены храму колокола для колокольни. 18 апреля 2010 архиепископ Можайский Григорий освятил Ильинский храм села Ильинское Красногорского района. Один придел был освящен в честь апостола и евангелиста Иоанна Богослова, а второй, по просьбе прихожан и с благословления митрополита Крутицкого и Коломенского Ювеналия, во имя преподобномученицы великой княгини Елисаветы.
